Il Museo del Duomo di Fidenza è stato inaugurato il 30 ottobre 1999 per conservare le opere d'arte provenienti dalla Cattedrale di San Donnino e dalle chiese del territorio diocesano.

L'itinerario museale si sviluppa in due sezioni, collegate, ma indipendenti:

• una si trova all'interno del Palazzo Vescovile,
  
• l'altra nel matroneo settentrionale della Cattedrale.

I preziosi beni che compongono le raccolte museali si dividono in quattro gruppi. 

1. Il primo consta di oggetti risalenti ai primi secoli dopo l’Anno Mille ed è ciò che rimane dell’antico “Tesoro di San Donnino”.

   
   
   È un nucleo solo apparentemente disomogeneo di manufatti legati dal filo conduttore del culto rivolto al Santo patrono, Donnino, e all'arredo del suo antico santuario: reperti archeologici, resti architettonici, sculture, oggetti liturgici, alcuni di eccezionale rarità e pregio.
   
   Quattro di essi da soli giustificano la costituzione del Museo, poiché sono opere d’arte romanica di grandissimo valore, create appositamente per il Duomo o portate in dono da personaggi di rango: 
   
   

• il Fonte battesimale in marmo scolpito (metà del XII secolo), decorato da figure a mezzo busto che si ritiene raffigurino alcuni momenti del rito del Battesimo o le funzioni attribuite dai pontefici al prevosto di San Donnino. Una figura mostra un cartiglio con l'iscrizione «INSTITVCIO ALEXANDRI PP. II», interpretata, anche, come atto di fondazione nella Chiesa di Borgo San Donnino (così si chiamava Fidenza nel Medioevo) di un fonte battesimale indipendente da Parma

• la Maestà mariana attribuita a Benedetto Antelami (pietra di Vicenza, sec. XII-XIII). 
  Realizzata per l'altare maggiore del Duomo, vi rimase fino alla metà del 500, poi fu collocata in una nicchia nel lato est della nuova torre campanaria, dove rimase fino al 1973, quando fu posta nella cripta; restaurata nel 1985, è, oggi, custodita nel Museo dal 1999;
  
  
  

• l’Acquamanile a forma di colomba, in bronzo fuso, bulinato, argentato e dorato (bottega orafa di Hildesheim, metà sec. XIII).
  Giudicato da alcuni una "colomba eucaristica", l'oggetto va ritenuto di funzione differente per la mancanza del caratteristico sportello, apribile sulla schiena, per riporre la pisside con l'ostia consacrata. Si tratta invece di un recipiente per liquidi munito di due aperture: una sulla schiena per il riempimento e una all'estremità del becco, che funge da versatoio. Un tralcio di vite che si diparte dal becco e si ferma sulla schiena forma una sorta di maniglia per l’ampolla;

• il Calice ansato detto di San Donnino, d’argento dorato, splendida opera di oreficeria renana del XII secolo. Coppa e piede lisci sono lavorati a sbalzo, nodo e anse sono fusi e poi rifiniti a cesello e bulino. Le anse hanno la forma di draghi alati, ripetuti anche nel decoro del nodo. Fu certamente adoperato per la distribuzione del vino eucaristico fino a quando fu in uso la comunione sotto le due specie (fine del sec. XII). In seguito, con l'inserimento nel nodo di una teca contenente un dente del patrono, il vaso divenne "reliquiario" e fu usato per dar da bere acqua e vino benedetti ai pellegrini in transito sulla via Francigena o ai fedeli morsi da animali velenosi e cani idrofobi

2.  Il secondo gruppo costituisce il “Tesoro del Duomo” ed è composto dagli oggetti realizzati dopo l’elevazione della chiesa-santuario di San Donnino a Cattedrale diocesana.

Comprende dipinti, reliquie, suppellettili liturgiche in metallo, legno, tessuto. 

Di particolare rilievo: 

• la tela con l’Assunzione di Giulio Campi (sec. XVI);
• la Madonna Assunta con san Rocco (1576) e la Deposizione di Cristo nel sepolcro (fine sec. XVI) di Vincenzo Campi;
• oreficerie rinascimentali, barocche e rocaille, tra cui l’Ostensorio raggiato d’argento dorato e pietre preziose dell'orafo Franz Anton Gutwein di Augsburg, donato nel 1776 da Enrichetta d'Este;paramenti come la Pianeta di san Bernardo (seta policroma ricamata, sec. XVII-XVIII);
• il Forziere medievale in cui il Capitolo della Cattedrale di San Donnino conservava le pergamene dei privilegi e delle proprietà della chiesa.

3.  Il terzo gruppo comprende gli oggetti (per lo più dipinti e beni suntuari) provenienti dal territorio della Diocesi di Fidenza di cui la Cattedrale è la chiesa madre o dalle antiche chiese dipendenti dalla pieve di Borgo San Donnino.

Spiccano tra essi due affreschi staccati: San Giorgio che libera la principessa dal drago (XIV secolo) proveniente dalla Chiesa di San Giorgio e la Madonna della Grazie (sec. XIV-XV) dall’antica Chiesa di San Michele in Fidenza.

4. Il quarto gruppo, infine, riunisce tutto ciò che deriva dai lasciti a favore della Diocesi, come gli oggetti appartenuti ai vescovi del passato, o donati al Museo dopo la sua istituzione.

Completa la visita al Museo Diocesano il matroneo nord, cui si accede dall'interno del Duomo attraverso la duecentesca scala a chiocciola della Torre sinistra detta del Folletto.
Tra gli oggetti esposti sono di particolare interesse il Tronetto processionale in stile barocco della Madonna del Carmine (Cappella della Madonna del Carmine della Cattedrale, i Reliquiari a busto del Seicento un tempo esposti in Cattedrale ed altre preziose opere di carattere liturgico).